Loja Phoenix isi are originile in anul 2008, cand a fost consacrata de Marea Loja Nationala a Romaniei. Ulterior, in 2012, loja a aderat la Marea Loja Regulara a Romaniei, consolidandu-si astfel pozitia in masoneria romaneasca. Un moment definitoriu a avut loc in 2020, cand, ca raspuns la provocari interne si dispute privind identitatea organizationala, trei loji au decis sa continue lucrarea masonica sub un nou nume: Marea Loja Regulara Phoenix.
Marea Loja Regulara a Romaniei este desprinsa (sub numele de Marea Loja Nationala Dacia) din Marea Loja Nationala a Romaniei in anul 2006. Trei Respectabile Loji au parasit aceasta Mare Loja datorita unor mari iregularitati care se produceau acolo. Plecarea s-a facut sub ciocanul regretatului Frate Nicu Filip care de altfel a fost si primul Mare Mestru ales al Romaniei dupa revolutia din decembrie 1989. Primul mandat de Mare Maestru a apartinut pentru o perioada de 6 luni Fratelui Nicu Filip, timp in care s-a infiintat Marea Loja Nationala Dacia.